原本被指揮中心視為「大防護罩」的檢疫旅館，如今卻可能成為防疫破口，去年十二月八日確診的浙江台商（案七一九），其病毒竟與同住台北市某家檢疫旅館、自德國入境的確診者（案六九三）幾乎一樣，國內感染科專家認為，這證實浙江台商應是在防疫旅館染疫。
案七一九去年九月中旬至浙江洽公，11月22日返台，於北市某防疫旅館居家檢疫，住在三樓房間，入住第12天出現症狀；由於他在大陸出境當天上海浦東機場爆發群聚感染，當時指揮中心一度以「防疫旅館無人確診」為由，認為個案應在浦東機場染疫，不料隔天意外發現，案六九三也曾住同旅館六樓，引發是否為本土染疫爭議。
指揮中心發言人莊人祥當時研判，檢疫者至該防疫旅館報到後，皆透過樓梯前往房間，檢疫期間使用通訊軟體與旅館人員溝通，將外送餐點放在門口，檢疫者不用走出房間，且兩人並非同天到達旅館，一個住三樓，一個住六樓，並無接觸可能。另針對十四名防疫旅館工作人員進行病毒核酸檢驗及血清抗體採檢，結果均為陰性。
指揮中心指揮官陳時中昨在例行記者會被問及兩人病毒比對結果時，態度低調，僅說，兩人的基因定序，研判應屬同一系列；至於浙江台商的感染源是否就是案六九三，他則不願多談，強調防疫旅館工作人員及與確診者同時入住者採檢結果皆陰性，「兩個就很相像，但已經結案」。
莊人祥昨表示，去年12月10日該檢疫旅館環境採檢，檢驗個案房間門把、電話、遙控器、馬桶、空調出風口及公共區域的一樓、三樓及六樓等樓梯間，結果皆為陰性。
