黃瑞仁相當強調醫院的文化，讓臺大醫院雲林分院成為雲嘉平原醫療燈塔。
尊重關懷、正直誠信、團隊合作
黃瑞仁擔任臺大雲林分院正副院長近十二年期間，致力弭平雲林縣城鄉醫療差距，提供鄉親「急、重、難、罕病醫療服務」，大幅提高雲林醫療水平，雲林縣對他翻轉雲林醫療的貢獻表達感謝，更稱黃瑞仁是「雲林史懷哲」。
說起醫院管理的理念，臺大醫院雲林分院院長黃瑞仁坦言，以三大方向「尊重關懷、正直誠信、團隊合作」為主軸。
團隊合作無間 重大外傷零轉出
雲林縣曾被衛生福利部公告為緊急醫療資源不足地區，加上老年人口全台前三名、低家戶所得，各項先天不利因素造成醫療資源分配不平均、慢性病患缺乏醫療可近性，以及基層醫療缺乏充足後援；黃瑞仁自接任臺大醫院雲林分院院長後，發揮「善用科技力量，為醫療難題找答案」的理念，帶領雲林分院團隊，發展出一系列偏鄉地區急重症資源整合與創新服務，建立過往沒有的創新服務流程，指派馬惠明副院長全權督導，成功克服地理限制和醫師人力不足問題，發展遠距醫療照護模式，如「斗六雙星區域聯防」、「安心雲林e院聯防」、「智慧遠距傷口照護」、「高危新生兒外接即時監測」、「偏鄉兒童心臟篩檢遠距群助」等。
身為雲林唯一重度級急救責任醫院，急診病床每天都滿床，一床難求是常態，遇到重大外傷病人來了、快要休克、要進開刀房，面對的是加護病房沒床、外科醫師不敢開刀的狀況。
在給病人活命的機會理念下，黃瑞仁開始推動「先開刀，再找床」，由資深護理師每天上小夜班前盤點病床，有哪些病人相對穩定，如果今天晚上急診需要病床，馬上可以緊急調度。
而這位「可調度」的病人要送到哪裡？黃瑞仁表示，若轉到一般病房，會臨時增加護理人員負擔。於是，先轉到開刀房的恢復室，由快速反應小組值班護理師擔任主護護理師，這個制度運作下來非常順暢，平均每天要調床的最多就兩床，不會造成負擔，大多數時候只要調度一床。
黃瑞仁驕傲地說，這個制度在全台也是首創，靠的就是急診及加護病房同仁團隊的運作。這個制度推行以來，至今到急診的重大外傷病人是零轉出，相當成功。
臺大醫院雲林分院院長黃瑞仁以三大方向「尊重關懷、正直誠信、團隊合作」為醫院管理的主軸。
正直誠信 在服務中找到從醫價值
再者，黃瑞仁醫師亦非常重視醫師的人格特質，他認為一位好醫師一定要「正直、誠信」醫師不能為了賺錢而提供病人不必要的醫療、不必要的檢查、不必要的手術，這嚴重違反臺大醫療體系的核心價值與醫者的本心。
對他來說，正直就是任何人均不能透過不法行為，獲取不當利益，破壞醫院名譽。誠信則是對醫院同仁說話算話，取得他人的信任，而不是對上欺騙，博取信任，對下隱瞞，掩蓋真相。在醫院團隊裡，黃瑞仁醫師也以身作則，尊重每個人的想法，因為身為團隊的「隊長」，一定要先尊重別人，大家才會願意跟隨，一起朝共同的目標前進。
黃瑞仁認為有三點：「醫學知識要夠、醫學技術要佳、醫病溝通要好」作為民眾信賴的醫院，我們每一位醫師、醫事人員及行政同仁，以醫術為核心，加上良好的溝通和安全又有效率的流程，確保優質醫療服務。同樣的，全院的工作同仁，都能秉持著專業、敬業的精神「各司其職」，大家共同努力追求卓越，這就是雲林分院存在的意義。
尊重關懷 成為雲嘉平原醫療燈塔
黃瑞仁相當強調醫院的文化，即「尊重關懷」。細心與耐心，關係著醫術者的高明與否，同理心則與專業能力無關，反而是與你願意成為一個怎麼樣的醫生有關。
他自許成為一名不但能看到病人的病，也要能感受到病人痛苦的醫者。醫師給病人的不只是疾病治療，更要有「視病如親」的身心靈全面的照護，雖然面對現今糾紛時有所聞的醫療環境，但醫師的真誠付出一定會讓家屬或病患感受到。
而醫師在危急狀況更要臨危不亂、尊重他人。黃瑞仁表示，有些新手醫師在學習過程中，需要多次的練習，主管更要用發自內心的耐心指導，若是職務內容適應不來，也可多作調整，黃瑞仁接著說道，從主治醫師到護理人員，從清潔人員到保全，每位同仁都是院內最重要的一環，關鍵是幫每個人找到最合適的位子。
原先醫師來雲林待不到兩年就想走了，但黃瑞仁知人善任、打造優質環境，並帶領團隊在服務過程中找到從醫價值，現在二○六名主治醫生中，留任雲林超過五年的比例高達五成五，且非本地人，卻在當地買房，把異鄉當故鄉。
他鼓勵同仁參與社團活動，推廣許多動態、靜態社團，讓同仁在閒暇之餘可以培養自我興趣，也可凝聚團隊的向心力。
最後，黃瑞仁期盼未來在前進全人照護醫學中心的道路上，不忘初衷，努力實踐責任與理想，也希望雲林分院以守護中台灣健康為使命，成為雲嘉平原醫療燈塔，持續照顧鄉親健康。
